1、向省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门备案；备案后，如开办第三类医疗器械经营企业，需经省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门审查批准；审查通过后，发给《医疗器械经营企业许可证》。
2、二类医疗器械许可证办理操作流程如下：申请：申请人持申报资料向省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门提出申请；受理：申报资料报送食品药品监督管理局政务大厅。
3、提交申请：将准备好的申请材料提交给当地食品药品监督管理部门。接受现场检查：管理部门会对提交的申请进行现场检查，核实企业的经营场所、设施、人员资质等情况是否符合要求。审核与发证：如果现场检查通过，管理部门会对申请材料进行审核，审核通过后，会颁发医疗器械二类经营许可证。
4、二类医疗器械申请流程：首先到工商局办理营业执照，注册为企业，可以是法人企业、非法人企业、个人独资企业、合伙制企业等，个体工商户不可以办理备案凭证；到质监局办理组织机构代码证；到国家食品药品监督管理总局网站用组织机构代码注册一个帐号进行申报。
5、办理对象：具备第二类医疗器械经营备案申请条件的企业； 持有《第二类医疗器械经营备案凭证》的企业，也就是说必须是以公司（企业）执照的身份。需要的申请材料：1）第二类医疗器械经营备案表2）营业执照和组织机构代码证复印件。
